Maria od Męki Pańskiej zaczęła pisać Notatki Duchowe od 1882 r. na polecenie kierownika duchowego o. Rafała Delarbre OFM. Zostały one wydane przez siostry FMM w dwóch tomach: ?Il me parle au coeur de son Église? i ?O? me conduisez-vous?? w 1970 i 1972 roku. Ukazują jej mistyczne przeżycia oraz doświadczane przez nią prawdy wiary dzięki darowi kontemplacji wlanej. Zawierają sprawozdania z odprawianych przez nią rekolekcji, zapisy z codziennych medytacji, dzielenie się otrzymanym światłem i natchnieniami Ducha Świętego oraz duchowymi doświadczeniami, przez które przechodziła.
Pisanie notatek nie było dla niej łatwe, pomimo jej wybitnych zdolności pisarskich. Przeżyć duchowych nie jest w stanie wyrazić żaden ludzki język. Wszelkie próby nie oddają w pełni tego, co przeżywa dusza. Dlatego język notatek jest często chaotyczny. Spotykamy w nich urwane zdania, niedokończone zwroty, myślowe skróty. Dla kogoś, kto nie ma podobnych duchowych doświadczeń ten język może być bardzo trudny czy wręcz niezrozumiały.
Maria od Męki Pańskiej swoimi mistycznymi przeżyciami dzieliła się jedynie ze swoim kierownikiem o. Rafałem, który przechodził podobne duchowe doświadczenia. Był więc dla niej osobą bezcenną. O wielkiej potrzebie kierownictwa Założycielka pisze 17 lutego 1883 r. po kontemplacji Ewangelii o Przemienieniu Pańskim:
Wydało mi się, że moja dusza (a z nią wszystkie dusze modlitwy) została zaprowadzona przez Ducha Świętego na miejsce ustronne, na wysoką górę. Jest wielką łaską, tam się znaleźć. Dusza modlitwy jest wyżej niż świat, ona nad nim góruje i na tych wysokościach znajduje się w towarzystwie Jezusa i Jego wybranych uczniów. Do tej pory Jego wola w dużym stopniu przyczyniała się do jej szczęścia, ale szła sama, prowadzona przez Niego, by w końcu pozwolić sobie pomóc.
Tu Jezus przemienia się wobec niej. Rozpoczynają się cuda miłości, ?oblicze Jego zajaśniało jak słońce, a Jego odzienie stało się białe jak śnieg?. Ten Jezus, jakby nieznany, pomimo że wcielony dla nas, przez większość ludzi okazywał mojej duszy swą prawdę i swoją miłość w ich świetle i ich czystości. Wobec tej łaski jestem bezsilna. Widzę ją i samego Jezusa, nie tak jak reszta dusz Go widzi, ale przemienionego. Jego miłość i Jego prawda przenikają mnie w ich świetle i ich przejrzystości. W mojej obecności rozmawia On z Mojżeszem i Eliaszem. Mojżesz to piękno Prawa, które mi odkrywa, Eliasz to doskonałość duszy zakonnej, która może dojść do tego, że żyje nie mieszkając na ziemi.
I gdy moja dusza już upojona, upaja się coraz więcej... Mój Boże, jak to wytłumaczyć? Ale, jest tak jak mówi Ewangelia, Boży obłok, moja piękna Trójca okrywa mnie i Bóg mówi: ?To jest mój Syn umiłowany, w którym się rozradujesz, widzisz w Nim wszystkie moje upodobania, jeszcze bardziej je zobaczysz, słuchaj Go?. Jest niemożliwym wypowiedzieć szczęście duszy, która z natury zawsze dąży ku Bogu i która w ten sposób znajduje się prawie w posiadaniu swego ostatecznego celu. Ale nasze ciało, zepsute przez grzech pierworodny, nasza natura, która nosi jego ślady, upada na twarz owładnięta strachem. Oto co chciałam Ojcu wczoraj wytłumaczyć. Bez wątpienia, uczniowie nie chcieliby za nic pozbawić się tego, co widzieli, a jednak ich natura drżała z lęku. Potrzebowali, aby Jezus przyszedł do nich i w zwyczajny sposób powiedział, dotykając ich: ?Nie bójcie się?. NS: 44
Po doznaniu niezwykłej łaski, na wszystkich drogach, które wstrząsają naturą, posłuszeństwo staje się potrzebą? Posłuszeństwo, które jest dostrzegalnym Jezusem. Ojciec nie zna potrzeby pewnej duszy, znajdującej się wobec tego olśniewającego światła i bieli śniegu, okrytej obłokiem, aby jej powiedzieć: nie bój się. Przepowiada ona inną górę, do której ta jest drogą: Kalwarię. Piotr zaparł się swojego Mistrza. Jak Ojciec myśli, czy na Taborze można się nie lękać?
Jeszcze inne światło otrzymałam podczas tej modlitwy. Jezus nakazał im: ?Nie mówcie nikomu o tym widzeniu, aż Syn Człowieczy zmartwychwstanie?. Moja dusza musi milczeć o tych cudach ( wyjątkiem są dusze, które widziałyby osobiście Jezusa w Jego chwale). Pan Jezus już nie pierwszy raz, prosił mnie z mocą, abym nie rozmawiała z nikim o cudach, których mój biedny rozum jest świadkiem.
Ojcze, widzenie prawdy i miłości zostało mi ukazane, w sposób łatwiejszy, niż można by przypuszczać, w ich świetle i przejrzystości. Zwłaszcza pobyt w Boskim obłoku, który jednoczy z Bogiem szybciej i mocniej niż wszystko inne, rodzi w duszy palący ogień, tak iż szuka ona zimna, aby mu przekazać swój upał lub ognia równie palącego, lub większego od swego, który nie dopuszcza zimnej atmosfery, w której można by odrzucić ten ogień, który ją pożera. Zachować go w sobie, nie dając mu ujścia jest przeciw naturze i znaczy spalać się żywcem.
W tym doświadczeniu dusza potrzebuje Jezusa, który mówi: ?Nie bójcie się!?. Schodząc z góry takie dusze potrzebują być kierowane. Gdy wchodziły pod górę Jezus nic do nich nie mówił, ale z powrotem po tej łasce potrzebne jest im kierownictwo. Dusza bardzo odczuwa jego potrzebę. Znacznie bardziej niż źródła św. Teresy, Ewangelia ta może służyć jako podstawa do traktatu o modlitwie, to sam Bóg ją napisał. NS: 45
Maria od Męki Pańskiej przez całe życie strzegła sekretu Króla. O. Rafał dopiero wiele lat po jej śmierci przekazał Franciszkankom Misjonarkom Maryi notatki duchowe ich Założycielki, by mogły czerpać z jej nieprzebranego duchowego bogactwa i wzrastać w świętości.